長期入居者の獲得の為に、更新料を半額にして借主の更新時に、更新料を少なくしたり、更新料を無料にしたりして、仲介業者へ借主負担で半額を支払う場合があります。また、更新料は通常通りご負担いただき、翌月の家賃を割り引いて精算する場合もあります。このように実際の収入が契約内容と異なる場合には、収入の計上の仕方はどのようになるのでしょうか？（滞納の場合は家賃が支払われなくても収入として課税対象になるとききました）

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滞納のように、本来、賃貸借契約書通りの賃料が支払われない場合には、受け取るべき賃料を収入に計上しなければなりません。税務署としては、滞納は借主と貸主の問題であるため、滞納があることを理由に収入を少なく計上することは許さないという趣旨です。なお、滞納金が支払われた場合には、未収金の回収となり、収入に計上する必要はありません。この滞納金と、ご質問の更新料の受け取りは異なります。契約書に記載してある更新料と異なるもらい方をする場合には、借主と貸主の合意によって取り決めているかと思います。つまり、契約は口頭でも成立することから、新たな契約が行われたと考えるのが一般的です。ですから、受け取った更新料をそのまま収入計上すればよいということになります。ただし、契約書の変更したことが、書面などの記録として残っていないと、あとから税務署から、収入の計上漏れではないかと指摘を受ける可能性があります。契約を変更したのであれば、覚書などの書面として証拠を残すべきです。