不動産管理会社から家賃が銀行口座に毎月振り込まれています。その際、売掛家賃から管理料が差し引かれてきます月々の仕分けは通常以下の様に記帳しています。
賃貸料：普通預金９．５万円／賃貸（売掛金）９．５万円
家賃から管理手数料が差し引かれた。：事業主貸５千円／賃貸（売掛金）５千円
ある月に誤って、コンド賃貸業者から誤って家賃から賃貸料を差し引かずに賃貸料が送金されてきました。管理料５千円を普通預金から引き出し、現金で賃貸業者に返しました。以下のように記帳しましたが、如何でしょうか。
賃貸料：普通預金１０万円／賃貸（売掛金）１０万円
管理料を現金化：現金５千円／普通預金５千円
返金（現金） 売掛先：賃貸（売掛金）５千円／現金５千円
家賃から管理手数料が差し引かれた。 事業主貸５千円／賃貸（売掛金）５千円

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まず、通常の仕訳ですが、管理料が事業主貸の勘定になっているため、必要経費になっていません。事業主貸ではなく、支払手数料（経費）の勘定を使いましょう。また、賃貸料は１０万円とした方がわかりやすいかと思います。
賃貸料の入金：普通預金 １０万円／賃貸料 １０万円
管理料と相殺：支払手数料 ５千円／普通預金 ５千円
次に、管理料を現金で支払った場合の仕訳ですが、正確な仕訳をするのであれば、下記のようになります。
賃貸料の入金：普通預金 １０万円／賃貸料 １０万円
現金の引出し：現金５千円／普通預金５千円
管理料の支払：支払手数料 ５千円／現金５千円
普通預金から引き出して支払っていることに変わりはないので、通常と同じ仕訳をしてもよいと思います。