二世帯住宅に住んでいますが（１Ｆ、２Ｆの完全分離型）２Ｆを妹の家族に貸そうと思っています。（定期借家契約にしたい）家賃は安めにしようと思います。家賃額の設定や契約のやり方などで何か注意する点はありますか？

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賃料の設定は、当事者間で自由に設定はできますが、あまりにも低額ですと、賃貸していると認めてもらえない場合があります。使用貸借（タダで賃貸する）という扱いとなり、収入にはなりませんが、家屋にかかる減価償却費、利息、固定資産税などの経費についても計上できないということになります。（過去の判例では、固定資産税相当額の賃料は、使用貸借と判断されています）減価償却、利息、固定資産税などの経費がまかなえるくらいの家賃（つまり、マイナスにならないくらいの賃料）は取られた方がよいかと考えます。
定期借家契約を締結する場合、書面による契約書の作成(必ずしも、公正証書にする必要ない)、定期借家契約である旨の説明と書面の交付など、定期借家契約が成立するための用件があるので注意が必要です。また、貸し手側から契約を終了させる場合は、1 年?6 ヶ月前までに通告が必要です。何もしないで契約の終了の期日を過ぎてしまうと、期間の定めのない普通借家契約になるものと考えられています。契約終了の6 カ月前までに、終了するのか、再契約(更新ではない)をするのか意思表示をしてください。契約の締結や契約の日程の管理だけでも当社でお手伝いさせていただきます。お気軽にご相談ください。
住宅ローンを組まれていると、金融機関への届出や承認を得ないと、期限の利益喪失に該当し、残金一括返済義務が発生します。債務者の居住目的で融資を受けていると思いますので、貸し出しするにあたり、担保価値がかわる可能性もあります。完全分離型の場合、2 つの金銭消費貸借契約を締結している可能性があります。その場合、双方がお互いの契約の担保提供者となり、さらに連帯保証人や連帯債務者契約を締結している可能性もあります。また、建築資金の充当による所有権の持分と債務の持分は必ずしも等しくありません。それは、債務の持分が住宅減税を受けるための持分に影響するため、収入を加味しているからです。賃貸に出せたとしても、持分に関係なく2 階部分もしくは、金銭消費貸借契約が1 つの場合は、住宅減税が受けられなくなります。保険については、建物内の家財に対する火災保険と地震保険の見直し（減額）が必要になります。家財は、家財の所有者が加入できる保険ですので、賃貸したまま減額をしないと、ルール上は超過保険となります。
まずは、ローン契約書の条項に反しないかを確認することが出発点ですね。条項に反しない、または、金融機関の同意があれば、貸し出すことができますが、この場合、普通借家にするか定期借家にするかをご検討ください。定期借家にすれば、正当事由を満たさなくても期間満了を賃借人に主張することができる（立ち退き要求が容易）というメリットがある反面、契約締結時と契約終了時（再契約時）の手間がかかります（手間を避けるために管理会社に依頼すると費用がかかります）。妹さんのような親族に貸す場合にどこまでやるかは、費用対効果で選択してください。